library(Seurat)
library(dplyr)
library(ggplot2)

li <- readRDS('~/Dropbox (Brickman Dropbox)/sc_seq_analysis/Blacky/services/scRNAviz/data/li_et_al_2020_endoderm.rds')
Idents(li) <- 'Subpopulation'
m <- FindAllMarkers(li, only.pos = T)
m_filt <- m %>%
    group_by(cluster) %>%
    slice_max(n = 20, order_by = avg_log2FC) %>%
    filter(cluster %in% c('hAL', 'hMG.1')) %>%
    filter(p_val_adj < 0.05 & avg_log2FC > 1)
li_sub <- li[, li$Subpopulation %in% c('hAL', 'hMG.1')]
DotPlot(li_sub, features = unique(m_filt$gene)) + theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))

for (gene in unique(m_filt$gene)) {
  p <- VlnPlot(li_sub, features = gene)
  print(p)
}

1 Session info

devtools::session_info()
## ─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────
##  setting  value
##  version  R version 4.1.2 (2021-11-01)
##  os       macOS Big Sur 10.16
##  system   x86_64, darwin17.0
##  ui       X11
##  language (EN)
##  collate  en_US.UTF-8
##  ctype    en_US.UTF-8
##  tz       Europe/Copenhagen
##  date     2022-01-21
##  pandoc   2.17.0.1 @ /usr/local/bin/ (via rmarkdown)
## 
## ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
##  package         * version date (UTC) lib source
##  abind             1.4-5   2016-07-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  bslib             0.3.1   2021-10-06 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  cachem            1.0.6   2021-08-19 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  callr             3.7.0   2021-04-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  cli               3.1.0   2021-10-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  cluster           2.1.2   2021-04-17 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  codetools         0.2-18  2020-11-04 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  colorspace        2.0-2   2021-06-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  cowplot           1.1.1   2020-12-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  crayon            1.4.2   2021-10-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  data.table        1.14.2  2021-09-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  DBI               1.1.2   2021-12-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  deldir            1.0-6   2021-10-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  desc              1.4.0   2021-09-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  devtools          2.4.3   2021-11-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  digest            0.6.29  2021-12-01 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  dplyr           * 1.0.7   2021-06-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  ellipsis          0.3.2   2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  evaluate          0.14    2019-05-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  fansi             1.0.2   2022-01-14 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  farver            2.1.0   2021-02-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  fastmap           1.1.0   2021-01-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  fitdistrplus      1.1-6   2021-09-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  fs                1.5.2   2021-12-08 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  future            1.23.0  2021-10-31 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  future.apply      1.8.1   2021-08-10 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  generics          0.1.1   2021-10-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  ggplot2         * 3.3.5   2021-06-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  ggrepel           0.9.1   2021-01-15 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  ggridges          0.5.3   2021-01-08 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  globals           0.14.0  2020-11-22 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  glue              1.6.0   2021-12-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  goftest           1.2-3   2021-10-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  gridExtra         2.3     2017-09-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  gtable            0.3.0   2019-03-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  highr             0.9     2021-04-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  htmltools         0.5.2   2021-08-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  htmlwidgets       1.5.4   2021-09-08 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  httpuv            1.6.5   2022-01-05 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  httr              1.4.2   2020-07-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  ica               1.0-2   2018-05-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  igraph            1.2.11  2022-01-04 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  irlba             2.3.5   2021-12-06 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  jquerylib         0.1.4   2021-04-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  jsonlite          1.7.2   2020-12-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  KernSmooth        2.23-20 2021-05-03 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  knitr             1.37    2021-12-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  labeling          0.4.2   2020-10-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  later             1.3.0   2021-08-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  lattice           0.20-45 2021-09-22 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  lazyeval          0.2.2   2019-03-15 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  leiden            0.3.9   2021-07-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  lifecycle         1.0.1   2021-09-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  limma             3.50.0  2021-10-26 [1] Bioconductor
##  listenv           0.8.0   2019-12-05 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  lmtest            0.9-39  2021-11-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  magrittr          2.0.1   2020-11-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  MASS              7.3-55  2022-01-13 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  Matrix            1.4-0   2021-12-08 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  matrixStats       0.61.0  2021-09-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  memoise           2.0.1   2021-11-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  mgcv              1.8-38  2021-10-06 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  mime              0.12    2021-09-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  miniUI            0.1.1.1 2018-05-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  munsell           0.5.0   2018-06-12 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  nlme              3.1-155 2022-01-13 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  parallelly        1.30.0  2021-12-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  patchwork         1.1.1   2020-12-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  pbapply           1.5-0   2021-09-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  pillar            1.6.4   2021-10-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  pkgbuild          1.3.1   2021-12-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  pkgconfig         2.0.3   2019-09-22 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  pkgload           1.2.4   2021-11-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  plotly            4.10.0  2021-10-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  plyr              1.8.6   2020-03-03 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  png               0.1-7   2013-12-03 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  polyclip          1.10-0  2019-03-14 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  prettyunits       1.1.1   2020-01-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  processx          3.5.2   2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  promises          1.2.0.1 2021-02-11 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  ps                1.6.0   2021-02-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  purrr             0.3.4   2020-04-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  R6                2.5.1   2021-08-19 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  RANN              2.6.1   2019-01-08 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  RColorBrewer      1.1-2   2014-12-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  Rcpp              1.0.8   2022-01-13 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  RcppAnnoy         0.0.19  2021-07-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  remotes           2.4.2   2021-11-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  reshape2          1.4.4   2020-04-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  reticulate        1.23    2022-01-14 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  rlang             0.4.12  2021-10-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  rmarkdown         2.11    2021-09-14 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  ROCR              1.0-11  2020-05-02 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  rpart             4.1-15  2019-04-12 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  rprojroot         2.0.2   2020-11-15 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  rstudioapi        0.13    2020-11-12 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  Rtsne             0.15    2018-11-10 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  sass              0.4.0   2021-05-12 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  scales            1.1.1   2020-05-11 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  scattermore       0.7     2020-11-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  sctransform       0.3.3   2022-01-13 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  sessioninfo       1.2.2   2021-12-06 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  Seurat          * 4.1.0   2022-01-14 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  SeuratObject    * 4.0.4   2021-11-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  shiny             1.7.1   2021-10-02 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  spatstat.core     2.3-2   2021-11-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  spatstat.data     2.1-2   2021-12-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  spatstat.geom     2.3-1   2021-12-10 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  spatstat.sparse   2.1-0   2021-12-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  spatstat.utils    2.3-0   2021-12-12 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  stringi           1.7.6   2021-11-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  stringr           1.4.0   2019-02-10 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  survival          3.2-13  2021-08-24 [1] CRAN (R 4.1.2)
##  tensor            1.5     2012-05-05 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  testthat          3.1.1   2021-12-03 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  tibble            3.1.6   2021-11-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  tidyr             1.1.4   2021-09-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  tidyselect        1.1.1   2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  tinytex           0.36    2021-12-19 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  usethis           2.1.5   2021-12-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  utf8              1.2.2   2021-07-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  uwot              0.1.11  2021-12-02 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  vctrs             0.3.8   2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  viridisLite       0.4.0   2021-04-13 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  withr             2.4.3   2021-11-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  xfun              0.29    2021-12-14 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  xtable            1.8-4   2019-04-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  yaml              2.2.1   2020-02-01 [1] CRAN (R 4.1.0)
##  zoo               1.8-9   2021-03-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
## 
##  [1] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1/Resources/library
## 
## ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────