Li et al., 2020 - marker analysis
Martin Proks
2022-01-21
library(Seurat)
library(dplyr)
library(ggplot2)
li <- readRDS('~/Dropbox (Brickman Dropbox)/sc_seq_analysis/Blacky/services/scRNAviz/data/li_et_al_2020_endoderm.rds')Idents(li) <- 'Subpopulation'
m <- FindAllMarkers(li, only.pos = T)m_filt <- m %>%
group_by(cluster) %>%
slice_max(n = 20, order_by = avg_log2FC) %>%
filter(cluster %in% c('hAL', 'hMG.1')) %>%
filter(p_val_adj < 0.05 & avg_log2FC > 1)li_sub <- li[, li$Subpopulation %in% c('hAL', 'hMG.1')]
DotPlot(li_sub, features = unique(m_filt$gene)) + theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))
for (gene in unique(m_filt$gene)) {
p <- VlnPlot(li_sub, features = gene)
print(p)
}
1 Session info
devtools::session_info()## ─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────
## setting value
## version R version 4.1.2 (2021-11-01)
## os macOS Big Sur 10.16
## system x86_64, darwin17.0
## ui X11
## language (EN)
## collate en_US.UTF-8
## ctype en_US.UTF-8
## tz Europe/Copenhagen
## date 2022-01-21
## pandoc 2.17.0.1 @ /usr/local/bin/ (via rmarkdown)
##
## ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
## package * version date (UTC) lib source
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## cli 3.1.0 2021-10-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
## cluster 2.1.2 2021-04-17 [1] CRAN (R 4.1.2)
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## DBI 1.1.2 2021-12-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
## deldir 1.0-6 2021-10-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
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## devtools 2.4.3 2021-11-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
## digest 0.6.29 2021-12-01 [1] CRAN (R 4.1.0)
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## evaluate 0.14 2019-05-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
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## listenv 0.8.0 2019-12-05 [1] CRAN (R 4.1.0)
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## [1] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1/Resources/library
##
## ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────