library(Seurat)
library(dplyr)
library(ggplot2)
li <- readRDS('~/Dropbox (Brickman Dropbox)/sc_seq_analysis/Blacky/services/scRNAviz/data/li_et_al_2020_endoderm.rds')
Idents(li) <- 'Subpopulation'
m <- FindAllMarkers(li, only.pos = T)
m_filt <- m %>%
group_by(cluster) %>%
slice_max(n = 20, order_by = avg_log2FC) %>%
filter(cluster %in% c('hAL', 'hMG.1')) %>%
filter(p_val_adj < 0.05 & avg_log2FC > 1)
li_sub <- li[, li$Subpopulation %in% c('hAL', 'hMG.1')]
DotPlot(li_sub, features = unique(m_filt$gene)) + theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1))
for (gene in unique(m_filt$gene)) {
p <- VlnPlot(li_sub, features = gene)
print(p)
}
devtools::session_info()
## ─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────
## setting value
## version R version 4.1.2 (2021-11-01)
## os macOS Big Sur 10.16
## system x86_64, darwin17.0
## ui X11
## language (EN)
## collate en_US.UTF-8
## ctype en_US.UTF-8
## tz Europe/Copenhagen
## date 2022-01-21
## pandoc 2.17.0.1 @ /usr/local/bin/ (via rmarkdown)
##
## ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
## package * version date (UTC) lib source
## abind 1.4-5 2016-07-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
## bslib 0.3.1 2021-10-06 [1] CRAN (R 4.1.0)
## cachem 1.0.6 2021-08-19 [1] CRAN (R 4.1.0)
## callr 3.7.0 2021-04-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
## cli 3.1.0 2021-10-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
## cluster 2.1.2 2021-04-17 [1] CRAN (R 4.1.2)
## codetools 0.2-18 2020-11-04 [1] CRAN (R 4.1.2)
## colorspace 2.0-2 2021-06-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
## cowplot 1.1.1 2020-12-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
## crayon 1.4.2 2021-10-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
## data.table 1.14.2 2021-09-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
## DBI 1.1.2 2021-12-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
## deldir 1.0-6 2021-10-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
## desc 1.4.0 2021-09-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
## devtools 2.4.3 2021-11-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
## digest 0.6.29 2021-12-01 [1] CRAN (R 4.1.0)
## dplyr * 1.0.7 2021-06-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
## ellipsis 0.3.2 2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
## evaluate 0.14 2019-05-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
## fansi 1.0.2 2022-01-14 [1] CRAN (R 4.1.2)
## farver 2.1.0 2021-02-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
## fastmap 1.1.0 2021-01-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
## fitdistrplus 1.1-6 2021-09-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
## fs 1.5.2 2021-12-08 [1] CRAN (R 4.1.0)
## future 1.23.0 2021-10-31 [1] CRAN (R 4.1.0)
## future.apply 1.8.1 2021-08-10 [1] CRAN (R 4.1.0)
## generics 0.1.1 2021-10-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
## ggplot2 * 3.3.5 2021-06-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
## ggrepel 0.9.1 2021-01-15 [1] CRAN (R 4.1.0)
## ggridges 0.5.3 2021-01-08 [1] CRAN (R 4.1.0)
## globals 0.14.0 2020-11-22 [1] CRAN (R 4.1.0)
## glue 1.6.0 2021-12-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
## goftest 1.2-3 2021-10-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
## gridExtra 2.3 2017-09-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
## gtable 0.3.0 2019-03-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
## highr 0.9 2021-04-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
## htmltools 0.5.2 2021-08-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
## htmlwidgets 1.5.4 2021-09-08 [1] CRAN (R 4.1.0)
## httpuv 1.6.5 2022-01-05 [1] CRAN (R 4.1.2)
## httr 1.4.2 2020-07-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
## ica 1.0-2 2018-05-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
## igraph 1.2.11 2022-01-04 [1] CRAN (R 4.1.2)
## irlba 2.3.5 2021-12-06 [1] CRAN (R 4.1.0)
## jquerylib 0.1.4 2021-04-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
## jsonlite 1.7.2 2020-12-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
## KernSmooth 2.23-20 2021-05-03 [1] CRAN (R 4.1.2)
## knitr 1.37 2021-12-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
## labeling 0.4.2 2020-10-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
## later 1.3.0 2021-08-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
## lattice 0.20-45 2021-09-22 [1] CRAN (R 4.1.2)
## lazyeval 0.2.2 2019-03-15 [1] CRAN (R 4.1.0)
## leiden 0.3.9 2021-07-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
## lifecycle 1.0.1 2021-09-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
## limma 3.50.0 2021-10-26 [1] Bioconductor
## listenv 0.8.0 2019-12-05 [1] CRAN (R 4.1.0)
## lmtest 0.9-39 2021-11-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
## magrittr 2.0.1 2020-11-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
## MASS 7.3-55 2022-01-13 [1] CRAN (R 4.1.2)
## Matrix 1.4-0 2021-12-08 [1] CRAN (R 4.1.0)
## matrixStats 0.61.0 2021-09-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
## memoise 2.0.1 2021-11-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
## mgcv 1.8-38 2021-10-06 [1] CRAN (R 4.1.2)
## mime 0.12 2021-09-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
## miniUI 0.1.1.1 2018-05-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
## munsell 0.5.0 2018-06-12 [1] CRAN (R 4.1.0)
## nlme 3.1-155 2022-01-13 [1] CRAN (R 4.1.2)
## parallelly 1.30.0 2021-12-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
## patchwork 1.1.1 2020-12-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
## pbapply 1.5-0 2021-09-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
## pillar 1.6.4 2021-10-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
## pkgbuild 1.3.1 2021-12-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
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## plyr 1.8.6 2020-03-03 [1] CRAN (R 4.1.0)
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## processx 3.5.2 2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
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## ps 1.6.0 2021-02-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
## purrr 0.3.4 2020-04-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
## R6 2.5.1 2021-08-19 [1] CRAN (R 4.1.0)
## RANN 2.6.1 2019-01-08 [1] CRAN (R 4.1.0)
## RColorBrewer 1.1-2 2014-12-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
## Rcpp 1.0.8 2022-01-13 [1] CRAN (R 4.1.2)
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## reshape2 1.4.4 2020-04-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
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## xtable 1.8-4 2019-04-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
## yaml 2.2.1 2020-02-01 [1] CRAN (R 4.1.0)
## zoo 1.8-9 2021-03-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
##
## [1] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1/Resources/library
##
## ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────